Регистрируются ли в журнале входящих документов - внутренние, как то: заявления, докладные??? Встал вопрос ребром, если можно, то со ссылочками.

Ссылочек не дам, но заявление на имя руководителя регистрируются в обязательном порядке. А вообще-то это все должно быть прописано в регламенте внутреннего документооборота.

Для т.н."внутренней" документации должен быть отдельный специальный журнал.

в отдельном журнале регистрируются, не в журнале для входящих.

У нас не регистрируются.