да нет, в русском "с борта судна" вполне можно
 

остаивть, для согласования. А при переводе всего предложения порядок слов можно изменить, напр. Delivery terms: DES M-0050 Seagull at ____ (port), ___ (country).

"У меня в данном случае вызывает сомнение употребление артикля с сущ. и числ. Ведь если после сущ. стоит количественное числ., то артикль не употребляется"

вы имеете ввиду "the М-0050 vessel" ? M-0050 это не количество кораблей, а марка одного, конкретного , по имени Seagall. T.e. - прилагательное. Поэтому и артикль. Опеределенный.

Вобщем то контекст все равно не полный - вероятно (я домысляю) перечесляются условия поставки , одним из которых является то что товар(?) должен находится именно на борту этого судна. ? По моим домыслам кусок:

".. условия поставки:

xii. с борта судна М-0050 "Seagull" ..."

можно перевести как:
" ... delivery conditions:

xii. from on board the М-0050 vessel "Seagull" ... "

Кстати, когда речь идет о конртракте, и вы перечисляете условия доставки, то не забудьте оговорить о том какие это условия - необоходимые или достаточные. Чтобы обезопасить себя на случай если что пойдет не так. Т.е. например "delivery conditions include, but not limited to : ..." - или что там вам больше походит. То как у вас написано - это условия доставки и точка, ни больше ни меньше (что может быть вам и надо - я не знаю. Адвокат ваш знает лучше).

the M-0050 Seagall vessel - так не говорят.

Полное дословное получается (слова в <> означают - подразумевается, но в речи опускается):

"... с борта судна <марки> М-0050 <по имени> 'Seagall' .. "

более менее буквальный перевод:
"... from on board the M-0050 vessel <named> 'Seagall' ..."

Delivery Terms (не conditions) (-)
 

совершенно верно - terms(-)