с борта судна М-0050 "Seagull"?

литературно или буквально ? А какое предложение ? Для перевода очень важен контекст, а вы даете лишь словосочетание.

можно так перевести:
from the М-0050 vessel "Seagull".

Также, а какой вид судна ? Тоже может быть важно - liner, ferry, boat, ship, yacht (если перевод литературный т.е.)

Слово борт нужно упомянуть обязательно. У меня в данном случае вызывает сомнение употребление артикля с сущ. и числ. Ведь если после сущ. стоит количественное числ., то артикль не употребляется. Или я путаю, и здесь не тот случай, тем более что ещё и имя собственное идет вслед.
В русском регистрационный номер и название судна пишутся рядышком. Мне кажется их и в англ. лучше поставить рядом.

Но все условия поставки определены в инкотермс, и мне кажется что неправильно переводить дословно "с борта", посмотрите определение в справочнике.

Delivered ex ship (DES) - поставка франко-судно
- означает, что продавец считается выполнившим свои обязательства тогда, когда товар предоставлен покупателю на борту судна до прохождения таможенного оформления уплаты таможенных платежей в указанном порту страны-импортера.

под рукой имеется.

"Условия поставки: DES, ... (название порта), ... (страна), с борта судна М-0050 "Seagull".
Получается, что русский вариант некорректен. Надо бы убрать "с борта судна". Но не мне исправлять его,мне нужно перевести как есть.
А если отвлечься от инкотермс и взять отдельно: судно М-0050 "Seagull" (дальше может быть что угодно, например в письме, заходит в порт). Нужен определенный артикль? We hereby inform you that(the) vessel М-0050 "Seagull" calls at port....

судна, без всяких vessel. Но если уже добавлять, то не в начале, а в конце the M-0050 Seagull vessel. И кавычки в англ. тексте здесь не нужны.

остаивть, для согласования. А при переводе всего предложения порядок слов можно изменить, напр. Delivery terms: DES M-0050 Seagull at ____ (port), ___ (country).

"У меня в данном случае вызывает сомнение употребление артикля с сущ. и числ. Ведь если после сущ. стоит количественное числ., то артикль не употребляется"

вы имеете ввиду "the М-0050 vessel" ? M-0050 это не количество кораблей, а марка одного, конкретного , по имени Seagall. T.e. - прилагательное. Поэтому и артикль. Опеределенный.

Вобщем то контекст все равно не полный - вероятно (я домысляю) перечесляются условия поставки , одним из которых является то что товар(?) должен находится именно на борту этого судна. ? По моим домыслам кусок:

".. условия поставки:

xii. с борта судна М-0050 "Seagull" ..."

можно перевести как:
" ... delivery conditions:

xii. from on board the М-0050 vessel "Seagull" ... "

Кстати, когда речь идет о конртракте, и вы перечисляете условия доставки, то не забудьте оговорить о том какие это условия - необоходимые или достаточные. Чтобы обезопасить себя на случай если что пойдет не так. Т.е. например "delivery conditions include, but not limited to : ..." - или что там вам больше походит. То как у вас написано - это условия доставки и точка, ни больше ни меньше (что может быть вам и надо - я не знаю. Адвокат ваш знает лучше).

the M-0050 Seagall vessel - так не говорят.

Полное дословное получается (слова в <> означают - подразумевается, но в речи опускается):

"... с борта судна <марки> М-0050 <по имени> 'Seagall' .. "

более менее буквальный перевод:
"... from on board the M-0050 vessel <named> 'Seagall' ..."

совершенно верно - terms(-)